Поисковая система Яндекс может снять предупреждение об опасности ресурса, вызванное наличием вредоносного кода, но это не означает, что сайт вернется на свои позиции. Какое место в топе занимает ресурс, зависит от множества нюансов. Они могут постоянно меняться и поэтому, сайт в период опасности может потерять позиции. Если ресурс будет содержать в себе кратковременный вредоносный код, то в будущем это никак не отразиться на его ранжировании.
Компания предупреждает пользователей об опасных сайтах уже 8 лет, а с недавних пор этот факт стал учитываться в алгоритме ранжирования. Следовательно, исходя из этого, он может быть понижен в результатах поиска. Ограничения могут снять мгновенно после проверки сайта.
Предупреждение подобного характера выдает система, которая ищет опасные сайты. Ресурс становится небезопасным, если в нем есть вредоносный код, опасные ссылки, обнаруживается подозрительная активность и не только. Обычно, если пользователь видит подобные предупреждения, то не переходит на сайт и соответственно посещаемость ресурса падает. Нужно вебмастеру узнать причину занесения сайта в «опасные» и устранить ее. В этом может помочь раздел Помощи.